Respostas:
Não acompanho o desenvolvimento do GIMP de muito perto, mas parece que na versão mais recente do desenvolvimento, 2.7.1, "ainda não é possível iniciar no modo de janela única" ( notas de versão 2.7.1 ). Eu acho que é possível habilitá-lo depois de iniciar.
Há um tutorial sobre o How-To Geek que explica como instalar o 2.7.1 a partir de um PPA e ativar o modo de janela única.
Um resumo de como adicionar o PPA e atualizar o Gimp:
sudo add-apt-repository ppa:matthaeus123/mrw-gimp-svn
sudo apt-get update
sudo apt-get install gimp
add-apt-repository
add-apt-repository
lê melhor. :-)