Você pode usar os dois, mas eles entrarão em conflito. Eles são gravados no mesmo local; portanto, se você instalar algo do apt e depois instalar uma versão posterior do cpan, poderá resolver as coisas.
Eu não faço muito Perl, mas em Python eu certamente tenho o dilema que você está falando: apt-vs-PyPI. Pessoalmente, opto pelo apt sempre que posso. Isso significa que eu deveria receber atualizações sem ter que me lembrar de manter cada pacote Python individual. Não apenas isso, mas significa que todos os meus sistemas devem estar executando na mesma versão desses pacotes.
Nem sempre funciona. Às vezes, você não tem coisas novas o suficiente nos repositórios ou algo que você precisa simplesmente não está empacotado. Nenhuma das maneiras é perfeita, mas acredito que seja mais perfeita. Esteja ciente do que você está fazendo e você deve ficar bem.
Editar - Quase esqueci, existe uma maneira melhor de separar as coisas para que o sistema possa ter seu próprio ambiente e o que você estiver desenvolvendo possa viver em seu próprio ambiente (que você gerencia completamente com o CPAN), como o Python virtualenv
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/programming/1423879/how-can-i-install-specialized-environments-for-different-perl-applications
cpan
módulos instalados terminam é determinado pelos PERLsConfig.pm
. No meu Ubuntu 11.04, é/usr/local/share/perl/5.10.1
.