A instalação do Windows substituirá o MBR de qualquer maneira (esse problema ocorreu há algum tempo). A maneira de fazê-lo funcionar é DESLIGAR fisicamente a unidade com o Ubuntu, removendo-a completamente do computador, instalando o Windows na outra unidade e reconectando a unidade com o Ubuntu.
Dessa forma, você terá certeza absoluta de que o MBR ficará bom, pois o instalador do Windows não terá absolutamente nenhum acesso à unidade com o Ubuntu, pois será separado do seu computador (mas algumas pessoas aconselham que é ainda mais seguro manter temporariamente a unidade desmontada uma sala separada, apenas no caso [não realmente, estou apenas brincando]) .
Dessa forma, você instalará os dois sistemas em unidades separadas. Após reconectar, certifique-se de alterar a configuração do BIOS - você deseja iniciar a inicialização a partir da unidade Ubuntu, pois é aí que está o GRUB. Observe que na primeira inicialização (provavelmente) você não terá uma opção para inicializar o Windows. Para corrigir isso, inicialize no Ubuntu e execute sudo update-grub
, isso deve detectar o Windows e adicionar sua entrada ao menu de inicialização.