"Memória" e "arquivos temporários" são coisas diferentes.
A memória é normalmente RAM. O Linux gerencia sua RAM automaticamente, sem necessidade de limpeza; se houver algum processo se comportando mal e usando muita memória RAM, você apenas o interromperá. Navegadores são ofensores clássicos por lá; Preciso fechar o meu (e reiniciar) a cada duas semanas. O Gnome-shell é outro conhecido vazador de memória.
Para a parte do arquivo, você pode instalar o Ubuntu Tweak e usar o módulo janitor:
Veja também Quão seguro é o Janitor do Ubuntu tweak? . Você também pode instalá-lo usando um PPA, veja aqui no WebUpd8 (ainda está bom para 14.04).
De qualquer forma, considere que, se você limpar um cache, os dados precisarão ser recarregados / reconstruídos; portanto, o efeito é, na maioria das vezes, retardar as coisas (1). Por exemplo, limpar as miniaturas do nautilus significa que elas devem ser reconstruídas novamente - diminuindo a velocidade da navegação por arquivos.
(1) a única exceção aqui é o apt-cache e os kernels antigos --- em condições normais, na área de trabalho, eles quase sempre são apenas espaço perdido.
Se o seu sistema está realmente diminuindo a velocidade de um aplicativo não autorizado ou com vazamento, é o motivo mais comum. Tente pegá-lo com top
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