Usuário um terminal e faça o diretório
mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
Os arquivos aqui devem ser caminhos para os arquivos .desktop que serão colocados na lista negra na inicialização. Os arquivos .desktop em questão estão localizados em
/usr/share/indicators/messages/applications
para que você possa criar links simbólicos de lá para este diretório. portanto
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/menuItem ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/menuItem
irá remover menuItem
do menu de mensagens. Corre
ls /usr/share/indicators/messages/applications
para ver quais são os nomes dos arquivos .desktop e procurar o que menciona o Ubuntu One.
Você pode correr
killall gnome-panel
para ver as alterações imediatamente. Senão, um logout também deve funcionar.