Se você tiver dois discos rígidos, a instalação do Windows em um e o Ubuntu (ou qualquer outro SO) no outro é o mais conveniente.
Os PCs com Windows mais modernos vêm com três partições já instaladas - uma partição de recuperação, a partição "Reservado pelo Sistema" e, finalmente, sua partição primária do Windows. Se apenas 3 partições primárias forem definidas, crie uma partição estendida e instale o Ubuntu lá.
Supondo que o Windows consome todo o seu primeiro disco rígido, é necessário redimensionar essas partições do Windows.
Há uma sensação de segurança ao instalar o segundo sistema operacional em um disco rígido separado. Com dois discos rígidos, você pode simplesmente retirar o principal (no caso de um laptop) ou desconectar a energia (para um desktop). Agora você sabe que não corromperá acidentalmente o sistema operacional principal ao instalar o outro. Para os verdadeiramente paranóicos, você pode fazer o mesmo ao atualizar para versões mais recentes.
Por exemplo, minha máquina suporta quatro discos rígidos; então eu executo o Windows 7 no primário e o Ubuntu no segundo. Em vez de usar o carregador de inicialização do Linux para selecionar meu sistema operacional, eu simplesmente uso a tela de inicialização do BIOS para escolher inicializar a partir do primeiro ou do segundo disco rígido. Se eu pressionar o botão liga / desliga e for embora, ele será inicializado a partir do disco principal sem supervisão.
O Ubuntu terá prazer em montar suas partições do Windows para que você possa acessar seus arquivos.
Outra opção a considerar é usar uma máquina virtual. Uso o VMware na minha partição do Windows A única ressalva é que você precisa de memória e energia da CPU suficientes para executar os dois sistemas operacionais simultaneamente.
Um comentário sobre redundância - se você planeja configurar qualquer tipo de redundância de disco (espelhamento ou distribuição RAID-5), é necessário ter discos rígidos próximos do mesmo tamanho para evitar desperdício de espaço (o sistema usará o tamanho do menor dirigir). Uma abordagem de hardware é muito mais confiável e tem melhor desempenho do que uma simples solução baseada em software. Você DEVE fazer backup de todos os dados que não deseja perder!