A configuração do navegador padrão depende do aplicativo em que você deseja iniciar o navegador, porque o Linux possui vários métodos para determinar aplicativos padrão, portanto, os aplicativos usam métodos diferentes.
Por exemplo, o terminal padrão do Lubuntu / LXDE, LXTerminal, usa xdg-open
para iniciar um navegador quando um URL é clicado. A configuração do navegador padrão via update-alternatives
nesse caso não terá efeito.
Como você mencionou o Thunderbird em alguns de seus comentários, as coisas parecem ser ainda mais complicadas quando se trata do Thunderbird. (Consulte o Bug 724461 e esta publicação do blog sobre como o Thunderbird escolhe um navegador.)
Em resumo, se você tentou outros métodos e as coisas ainda não derem certo, você poderá executar os seguintes comandos para atualizar xdg-open
o aplicativo padrão dos URLs da Web para o Chrome:
sudo xdg-mime default chromium-browser.desktop x-scheme-handler/http
sudo xdg-mime default chromium-browser.desktop x-scheme-handler/https
Essa abordagem funciona no LXTerminal no Lubuntu 14.10 e também deve funcionar no Thunderbird.