Isso acontece no 11.04 e no 11.0. Li em algum lugar que esses aplicativos estão na "lista negra" para não usar explicitamente barras de rolagem de sobreposição, mas por quê?
EDIT (17 de setembro): agora o Update Manager foi incluído na lista de permissões e usa barras de rolagem de sobreposição ( consulte esta revisão ). O Synaptic ainda está na lista negra.