Não tenho certeza se algum dos leitores de PDF suporta a indexação de texto - provavelmente porque a indexação em si seria bastante cara e os arquivos PDF abertos e fechados 'ad-hoc'
No entanto, fiz alguns testes e posso ver que o okular - o visualizador padrão do KDE - tem uma pesquisa muito mais rápida que o evince (o visualizador padrão do Ubuntu). Ou seja, leva um segundo para o okular digitalizar todo o documento de 500 páginas, enquanto o evince gasta cerca de 5 segundos na mesma tarefa.
Você pode instalá-lo digitando
sudo apt-get install okular
(ou apenas procure-o no Centro de Software )
se este é o primeiro programa do KDE em sua máquina, seria necessário instalar algumas dependências, mas pode valer a pena - estou achando que os programas do KDE geralmente são mais capazes que os do Gnome ... O Okular suporta anotações em pdf, por exemplo, que também é útil às vezes.