De acordo com a seguinte linha da sua mensagem, você tem o jayatana
pacote instalado:
Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar
Este pacote é responsável pelo suporte do menu do aplicativo para aplicativos Java swing e parece ser a causa do segfault. Removê-lo funcionou para mim:
sudo apt-get remove jayatana
Não se esqueça de reiniciar sua sessão posteriormente, pois o pacote instala a JAVA_TOOL_OPTIONS
variável de ambiente. Ou tente a partir de uma janela do terminal:
JAVA_TOOL_OPTIONS= /path/to/your/matlab