A mesma coisa aconteceu comigo com o VLC e o Totem no Ubuntu 16.04. No entanto, em alguns outros jogadores, como o som MPV estava funcionando bem.
Tive a sensação de que tinha algo a ver com a última vez que abri o VLC. Eu estava assistindo a um filme na TV (por conexão HDMI); então, na época, configurei o áudio para ser reproduzido pela saída HDMI. Desliguei o laptop sem reverter a configuração.
Mas agora eu não estava conectado ao HDMI e na configuração do som apenas os alto-falantes internos estavam aparecendo.
No final, a opção de configuração a ser responsabilizada foi encontrada no próprio VLC. Durante a reprodução, Áudio> Dispositivo de áudio> (selecione os alto-falantes internos). Parece que não se reverteu em alto-falantes internos, porque a saída HDMI ainda estava selecionada. Agora até o Totem está funcionando.
Espero que essa experiência ajude alguém!