O gnuplot e o xmgr / grace são provavelmente os programas científicos mais antigos do Unix. Eu ainda uso o gnuplot de tempos em tempos (BTW não é o GNU e alguns o consideram gratuito ), porque eu o conheço e o uso há muitos anos, mas não mudou muito neste século e não é fácil de usar de acordo com os padrões atuais.
Eu acho que os programas mais promissores agora são QtiPlot, LabPlot e Veusz. Os dois primeiros são semelhantes ao Origin (o software de plotagem mais popular no Windows). O QtiPlot possui um desenvolvedor em tempo integral e parece ser desenvolvido mais ativamente. O Veusz é diferente dos clones do Origin e, diferentemente de outros programas, ele é escrito em Python. Ainda não está na distribuição, mas tem PPA .
Outro programa que eu uso para plotar dados é o fityk. Ele é especializado em ajuste de curvas e eu o uso para plotagem principalmente porque o conheço bem (escrevi), mas acho que na maioria dos casos o QtiPlot ou o Veusz serão a melhor escolha.