Respostas:
Este comando traz menus e controles para suas próprias janelas:
sudo apt-get remove indicator-appmenu
Isso move os controles para a janela, mas somente quando a janela é restaurada. Quando maximizados, os controles voltam ao topo, mas tudo bem, porque é maximizado de qualquer maneira.
Removendo o menu inteiramente (mesma resposta):