Eu estava tendo exatamente o mesmo problema. Depois de ler um dos relatórios de erros vinculados acima e seguir um dos links existentes, encontrei a seguinte pergunta: Geforce Go 7300/7400 na lista negra, ainda posso executar o Unity?
Acontece que a placa de vídeo (no meu caso, uma nVidia 7300) estava na lista negra, e mesmo estando logado no "Unity" e não no "Unity 2D", ele ainda estava voltando ao modo 2D porque a placa está na lista negra.
Existe uma solução alternativa para instalar os drivers da nVidia 173 e forçar o modo Unity, e funciona para mim. Eu também tentei com os drivers mais recentes, esperando que os problemas de compatibilidade fossem corrigidos, mas o sistema travou assim que eu entrei, então tive que voltar aos drivers da nVidia 173.
As partes importantes do link que eu publiquei:
Corra /usr/lib/nux/unity_support_test -p
. Se você receber um "não" vermelho ao lado de "Não está na lista negra", terá esse problema. Depois de instalar o driver nVidia 173, você pode editar /etc/environment
e adicionar a seguinte linha:
UNITY_FORCE_START=1
Saia e entre novamente, e você deve estar definido. Agora você precisa reaplicar as configurações no CompizConfig, mas desta vez elas devem ser respeitadas.