Frequentemente, vejo usuários que tentam corrigir um problema e em algum lugar lêem ou apenas tentam recursivamente chowno diretório pessoal e, às vezes, até redefinem as permissões recursivamente para algo parecido rwxr-xr-xou semelhante.

Imagine um massacre de proprietário / permissão - existem arquivos / diretórios críticos que precisam de permissões especiais ou pertencem à raiz para que o sistema funcione?

Nenhum arquivo ~deve pertencer à raiz.

Se um software exigir que um arquivo em seu diretório pessoal seja de propriedade de outro usuário, é um bug e deve ser relatado como tal.

Fora isso, um caso comum envolve dois softwares relacionados à segurança que exigem permissões restritas em determinados arquivos, a saber:

1. SSH
2. GPG

SSH

Veja a man sshseção FILES:

 ~/.ssh/config
     This is the per-user configuration file.  The file format and
     configuration options are described in ssh_config(5).  Because of
     the potential for abuse, this file must have strict permissions:
     read/write for the user, and not writable by others.  It may be
     group-writable provided that the group in question contains only
     the user.

 ~/.ssh/identity
 ~/.ssh/id_dsa
 ~/.ssh/id_ecdsa
 ~/.ssh/id_ed25519
 ~/.ssh/id_rsa
     Contains the private key for authentication.  These files contain
     sensitive data and should be readable by the user but not acces‐
     sible by others (read/write/execute).  ssh will simply ignore a
     private key file if it is accessible by others.  It is possible
     to specify a passphrase when generating the key which will be
     used to encrypt the sensitive part of this file using 3DES.

Outros arquivos como authorized_keys, known_hostsetc. devem ser graváveis ​​apenas pelo usuário, mas podem ser legíveis pelo mundo.

GnuPG

~/.gnupg(e conteúdo) deve ser acessível somente por você. Com outras permissões, o GPG se queixará de permissões não seguras.

Em geral, os arquivos e diretórios em sua casa devem pertencer a você.
Eu tenho alguns arquivos estranhos de propriedade da raiz que provavelmente são o resultado da execução do sudocomando; de fato, existem programas que escrevem coisas $HOME(os quais programas bem comportados que exigem privilégios de superusuário não deveriam funcionar - o efeito é a propriedade raiz dos arquivos que deveriam pertencer ao usuário).
Normalmente, excluí-los ou possuí-los novamente (dependendo do arquivo) não cria problemas e geralmente resolve alguns, como o .Xauthorityarquivo infame - e, às vezes, após a execução sudo dconf-editor, você tem coisas nas configurações que não podem mais ser modificadas.

Sobre modos especiais:

• os scripts devem ser executáveis, é claro, pelo menos para o proprietário;
• também devem ser diretórios (onde xsignifica direito de atravessar);
• .sshdeve ser drwx------(0700) e as chaves privadas -rw-------(0600)
• se você tiver um Publicdiretório para compartilhar, provavelmente deve ser drwxr-xr-x(permissão de leitura para qualquer pessoa) ou drwxrwxrwt(com permissão de gravação e bit pegajoso, para ativar a gravação).

... Não consigo pensar em mais nada que precise de tratamento especial.