A questão não é se há fragmentação. Todos os sistemas de arquivos têm alguma fragmentação.
A questão é se a fragmentação é suficiente para afetar o desempenho.
Nos sistemas de arquivos Linux, a fragmentação geralmente é menor que 5%, geralmente 1 ou 2%, a menos que o disco esteja 99% cheio. No caso de um disco cheio, você pode ver uma fragmentação significativa, mas nesse caso o problema é um disco cheio.
$ sudo fsck.ext2 -fn /dev/sda1
e2fsck 1.42 (29-Nov-2011)
Pass 1: Checking inodes, blocks, and sizes
Pass 2: Checking directory structure
Pass 3: Checking directory connectivity
Pass 4: Checking reference counts
Pass 5: Checking group summary information
Ubuntu_Rescue: 291595/1222992 files (**0.2% non-contiguous**), 1927790/4882432 blocks
Portanto, sim, há uma fragmentação de 0,2%, mas isso está bem abaixo do limite de 85% para afetar o desempenho.
Veja a postagem do blog Por que o Linux não precisa de desfragmentação? .
No Windows, não é incomum ver taxas de fragmentação de 50% ou mais (eu já vi 200% mais). Assim, o Windows precisa de ferramentas de desfragmentação.
No Windows, eles recomendam a desfragmentação em limites de cerca de 85%.
Vejo:
Portanto, a conclusão é que a desfragmentação não é um problema grande o suficiente para afetar o desempenho, portanto não há ferramentas de desfragmentação significativas e você está perdendo seu tempo se preocupando com isso.