Ao arrastar e soltar uma pasta com o nautilus, você deve definir cuidadosamente as duas janelas em áreas não sobrepostas da tela, caso contrário, selecionar uma pasta trará as janelas para a frente, ocultando a segunda.
No Windows, isso fará com que as janelas do explorer.exe fiquem na parte de trás, permitindo arrastar e soltar a pasta. Suponho que ele detecte um clique longo para decidir se trará ou não a janela para a frente.
Isso é possível com o Ubuntu?
Agora eu sei que o Nautilus agora dividiu painéis pressionando F3, mas isso não é útil. Na maioria das vezes, você abre uma pasta e decide copiar. Com o painel dividido, você deve decidir, ENTÃO divida o painel e vá para a pasta correta.