A gravação automática não é possível sem alterar o código fonte, ou seja, graficamente. Oficialmente, a Okular não forneceu isso. Veja isso:
https://docs.kde.org/trunk5/en/kdegraphics/okular/okular.pdf
Ao adicionar uma anotação a um arquivo pdf,
As anotações são salvas internamente pelo Okular. Você pode exportar o documento anotado usando Arquivo -> Exportar como -> Arquivo de documentos
Portanto, se fecharmos o arquivo e o abrirmos novamente no Okular, ainda poderemos ver nossas anotações adicionadas da última vez. Mas se abrirmos o arquivo em outro aplicativo, não poderemos ver as anotações adicionadas no Okular. Isso pode ser porque é uma extensão .okular !
Mas às vezes não é salvo automaticamente.
Para outros formatos (e o próprio PDF), ainda existe a opção de exportar documentos anotados no formato .okular (Arquivo -> Exportar como -> Arquivo de documentos) e compartilhá-los com outros usuários do Okular.
Na verdade, o armazenamento interno automático é desativado em alguns casos, e você precisa salvar em PDF sempre que fizer uma alteração. Mas há avisos e um "Salvar ou descartar alterações?" pronto para isso.
A biblioteca que usamos para lidar com arquivos PDF ainda não suporta a modificação de arquivos PDF criptografados. Se você abrir esse arquivo, a entrada de menu "Salvar como" ficará acinzentada e você será avisado de que só pode exportar como arquivo .okular .