Nas páginas MAN:
Encerramento - "o encerramento organiza a desativação segura do sistema. Todos os usuários conectados são notificados de que o sistema está inoperante e, nos últimos cinco minutos do TIME, novos logins são impedidos". O tempo mencionado aqui é um valor especificado pelo usuário que está sendo desligado.
Parada - "Esses programas permitem que um administrador do sistema reinicie, interrompa ou desligue o sistema."
A diferença é que Halt pode ser mais "agressivo" ao desligar do que o próprio Shutdown. Possui parâmetros que podem literalmente forçar o desligamento do sistema sem a consideração de serviços ou programas abertos. Se você executar o halt sem nenhum parâmetro, ele simplesmente executará o comando shutdown. Algo como um pseudônimo. Se você executá-lo, por exemplo, com o parâmetro, --forceele "forçará" o sistema a uma reinicialização muito rápido.
No caso de parada ou desligamento, eles aguardam a conclusão de todos os processos corretamente antes de desligar ou reiniciar o PC. Se um serviço ou aplicativo não fechar ou não fechar corretamente, você verá o que mencionou lá (o logotipo do ubuntu com os pontos).
A maneira correta no terminal para um único usuário ou multiusuário é o desligamento. Mas se o desligamento não estiver funcionando, verifique quais serviços você está executando e qual está causando a lentidão ou o congelamento do desligamento.
Com isso em mente, existem várias maneiras de reiniciar ou desligar o sistema:
Reiniciando - shutdown -r,reboot
Nesse caso, a reinicialização está simplesmente chamando shutdown -r.
Desligando - halt, shutdown, sudo init 0, shutdown -h now,poweroff
Nesse caso, poweroffé o mesmo que chamarshutdown -P
Como você notou, o shutdowncomando pode fazer muitas coisas, aqui está uma pequena lista:
-r Requests that the system be rebooted after it has been brought down
-h Requests that the system be either halted or powered off after it has been brought down, with the choice as to which left up to the system
-H Requests that the system be halted after it has been brought down
-P Requests that the system be powered off after it has been brought down
-c Cancels a running shutdown. TIME is not specified with this option, the first argument is MESSAGE
-k Only send out the warning messages and disable logins, do not actually bring the system down
Como faz o reboot
-f, --force force reboot or halt, don't call shutdown(8)
-p, --poweroff switch off the power when called as halt
Há, no entanto, uma diferença entre o desligamento pelo terminal e o clique na opção Shutdown no Unity. Este último solicitará ao usuário interação com qualquer trabalho não salvo (como libreoffice, inkscape ...). o primeiro simplesmente enviará um sinal para todos os processos solicitando que eles fechem. Nenhuma interação do usuário será necessária; portanto, qualquer trabalho não salvo será excluído.