como todo mundo disse, o gerenciador de pacotes colocará as coisas onde elas precisam.
Eu costumo ter uma pasta de projetos / onde faço check-out dos meus projetos git aleatórios.
O Eclipse gosta de manter seus projetos no espaço de trabalho / Dependendo de quanto desenvolvimento eu faço no Eclipse, eu faria algo como $ HOME / workspaces / {AndroidStuff, CrazyRandomIdeas}, dependendo se as coisas em que estou trabalhando devem estar em seu próprio espaço de trabalho ou é um projeto pequeno.
Além disso, ocasionalmente eu gosto de instalar coisas no meu $ HOME, já que estou apenas brincando com as coisas e não quero poluir meu sistema de arquivos, o que costumo colocar em $ HOME / local. Novamente, este é apenas o meu estilo ... mas acabo com
$HOME/
bin/ -->symlinks to binaries I installed locally and added to $PATH
local/ --> local installs of applications, libs etc.
projects/ --> git check/svn checkouts etc of random code.
workspace/ --> eclipse stuff.
Tente não instalar nada no seu sistema de arquivos raiz (/), a menos que você o empacote. É um problema real desinstalar as coisas (sempre há uma instalação de make, mas raramente você faz uma desinstalação de make). Além disso, esse é o objetivo de um sistema de empacotamento, para acompanhar seus programas, arquivos, configurações, etc.