A remoção do unity-webapps-common
pacote remove a Amazon do traço. Como o aplicativo da web da Amazon faz parte desse pacote, você não pode simplesmente remover a parte da Amazon (bem, antes de editar o código-fonte). Este é um problema quando outros programas (como o Unity Tweak Tool) dependem desse pacote.
Conforme observado por fitojb nesta resposta a outra pergunta, no entanto, este comando impedirá que o ícone da Amazon apareça no traço:
sudo rm -rf /usr/share/applications/ubuntu-amazon-default.desktop
No entanto, como a dobey apontou em um comentário abaixo, quando o unity-webapps-common
pacote for atualizado, o arquivo será substituído e o comando precisará ser executado novamente. Um método mais permanente é copiar o arquivo .desktop para o diretório de aplicativos local e adicionar uma linha ao arquivo para impedir que ele apareça no traço:
echo 'Hidden=true' | cat /usr/share/applications/ubuntu-amazon-default.desktop - > ~/.local/share/applications/ubuntu-amazon-default.desktop