Os repositórios do ubuntu são divididos em quatro partes.
- principal: software livre suportado por canonical
- restrito: software não livre suportado por canonical (firmware, drivers etc.)
- universo: software livre não suportado por canonical
- multiverso: software não livre não suportado por canonical
O software não principal não é suportado pelo canonical. O principal impacto prático disso para aqueles que não compram contratos de suporte é que as atualizações de segurança são muito menos prováveis de aparecer em tempo hábil e, no final do ciclo de vida da versão, podem não aparecer.
Em geral, as coisas entram no main porque fazem parte de uma das instalações padrão do Ubuntus. O Gimp foi retirado da instalação padrão há algum tempo e acho que eles finalmente conseguiram removê-lo do main também.
Isso importa? Em geral, eu diria que não, um editor de imagens normalmente tem uma exposição relativamente baixa a ameaças à segurança. Especialmente porque os próprios formatos de imagem geralmente são manipulados por bibliotecas externas que (pelo menos para os formatos comuns) provavelmente ainda serão as principais.
Então, para responder à sua pergunta "como se recuperar dele" no título, sugiro que você não se preocupe.