Posso confirmar que ele funciona com o Ubuntu 16.04LTS. Se você usar o receptor unificador que acompanha o mouse, ele já estará emparelhado quando você o conectar. Se desejar emparelhar com um receptor unificador pré-existente, instale o Solaar , que fornece controle básico sobre o emparelhamento e opções limitadas de configuração para alguns periféricos da Logitech.
Usei um receptor unificador preexistente e emparelhei meu MX Master usando Solaar. Ele detecta a carga da bateria, mas não fornece a configuração de gestos, dpi, rolagem etc. A configuração padrão do mouse parece estar correta, exceto que seria realmente bom se eu pudesse configurar o botão oculto para alternar os espaços de trabalho para mim. O botão de polegar oculto cria uma sequência de teclas, então acho que eu poderia mapear essa sequência no Linux para fazer trocas de espaço de trabalho.
De qualquer forma, além do suporte mínimo à configurabilidade, ele funciona muito bem.
Também o emparelhei usando Bluetooth. Para isso, é necessário instalar o blueman e confiar no dispositivo.
Como atualização: O MX Master continua a funcionar no Ubuntu 17.04, assim como nas versões do Ubuntu 16.xx. Eu também tenho usado sob 18.xx e 19.xx.