Antes de tudo, é triste ver algumas pessoas sugerindo usar vinho ou uma máquina virtual. Não apenas é uma resposta inadequada à pergunta, mas também, na minha humilde opinião, é contra o espírito da comunidade Ubuntu usar e promover o software proprietário do Windows.
Mas voltando à sua pergunta, a Proteus possui dois produtos famosos, o Proteus PCB, que é um pacote EDA (automação de design eletrônico) e o Proteus VSM para simulação de circuitos analógicos e microcontroladores (MCU). Você não mencionou a qual você está se referindo, mas as pessoas geralmente procuram as alternativas VSM, pois é um ótimo software para simular MCUs e a placa de desenvolvimento do AVR Arduino. Infelizmente, não existem muitos softwares livres, livres e de código aberto (FLOSS) multiplataformas tão poderosos e ricos em recursos quanto o Proteus VSM, mas existem algumas tentativas. Vou apenas tentar listá-los aqui:
- KTechLab
- SimulIDE
- Caixa cerebral
- PICsimLab ou PICsim
- PIC-Simulator
- simavr
- SimulAVR e simulavr-disp
- SPICE (Programa de Simulação com Ênfase em Circuito Integrado)
- QUCS (simulador de circuito bastante universal), Qucs-S, Qucsstudio, Qucsator
- Ngspice, Spice3f5, Cider1b1 e Xspice
- Xyce
- Simulador de Circuito ou CircuitJS1
PS Eu criei uma lista com curadoria de todos os softwares de engenharia elétrica da FLOSS aqui .