Eu tive o mesmo problema e a execução journalctl -f
para acessar os logs do sistema explicou tudo: org.gnome.Software
estava sendo executado em loop por causa de um "arquivo de cache de pacote corrompido", me convidando para executar apt-get update
para resolver o problema
Os logs (em francês, desculpe):
org.gnome.Software[2565]: E: Le fichier de cache des paquets est corrompu
org.gnome.Software[2565]: (gnome-software:3153): Gs-WARNING **: failed to call gs_plugin_refine_app on apt: apt DB load failed: error while initialising
org.gnome.Software[2565]: E: Impossible de traiter le fichier /var/lib/apt/lists/ppa.launchpad.net_webupd8team_atom_ubuntu_dists_xenial_main_binary-all_Packages (1)
Acabei de encerrar o processo e segui em frente, a execução de comandos apt-get não produz nenhum erro e não estou usando o gnome software center de qualquer maneira. Gostaria de encontrar uma maneira de desativá-lo completamente.