Respostas:
As mensagens de notificação extras e desatualizadas são um erro . Isso foi corrigido no desenvolvimento e a atualização será lançada para o Ubuntu 16.04 em breve, provavelmente no final deste mês (junho de 2016).
Se você executar o novo aplicativo 'Ubuntu Software' (mesmo ícone do antigo 'Ubuntu Software Center', ou seja, um 'A' maiúsculo), você verá as atualizações. Não sei por que o 'Atualizador de software' (o ícone é um círculo com setas) está fora de sincronia, mas está. Eu fiz uma pergunta relacionada aqui
É possível que haja uma atualização de distribuição. Tente correr sudo apt update && sudo apt dist-upgrade. As atualizações dist são diferentes das atualizações de software usuais, portanto o ubuntu pode ter um problema com isso. 16.04 ainda é novo e eles mudaram sua loja de software.
