No momento, os Emojis coloridos não são suportados. Aparentemente, existe uma versão WIP corrigida libcairo
que permite render emojis coloridos, mas ainda não é estável.
https://github.com/googlei18n/noto-emoji/issues/36#issuecomment-168209204
O suporte a isso provavelmente se resumirá a algo que precisa ser implementado em uma base por aplicativo ou por UI-lib (GTK, Qt etc.), por isso pode demorar um pouco para alguns aplicativos suportá-lo, mesmo quando as bibliotecas de SO subjacentes Faz.
ATUALIZAÇÃO:
O libcairo
patch chegou aos repositórios convencionais para a maioria das distribuições; agora eles devem funcionar de forma nativa por padrão se você tiver uma instalação atualizada, mas talvez seja necessário modificar o fontconfig para realmente usá-los.