"atualizador de software" é o atualizador genérico. Ele procurará atualizações para todos os seus repositórios e PPAs adicionados por você. Ele digitalizará com base em um período definido em "configurações":
Se você não se importa com o que é atualizado, este é bom o suficiente. E você pode definir isso para atualizar silenciosamente.
O Ubuntu Software tem sua própria versão sobre isso. Basicamente, ele usa o mesmo método, mas outra maneira de exibir as atualizações. Ele os mostra por software instalado com um ícone e uma descrição sofisticados, facilitando a verificação e a instalação de atualizações únicas. Suponho que a atualização por meio disso seja sempre manual (?) E suponho que isso possa instalar apenas atualizações para o software listado (?) (Vamos usar as próximas atualizações para testar essas declarações).
Quando você usa um deles, o outro mostra cada vez menos. Ah, e você não pode usá-los ao mesmo tempo (a atualização bloqueia o processo por si só até terminar).
Uma coisa que notei: o atualizador de software informa que é preciso reiniciar. O do SC parece não fazer isso (apenas fiz uma atualização através do SCU e SU me disse que eu precisava reiniciar).