Qual é a maneira preferida de instalar pacotes R no Ubuntu?

Estou instalando no R no ubuntu, mas estou um pouco confuso com as muitas opções existentes para instalar pacotes.

A maneira tradicional é instalá-los, dentro do R, fazendo install.package(). O Ubuntu, no entanto, oferece a possibilidade de instalar com o apt-get. Isso é interessante, pois o sistema operacional manterá os pacotes atualizados. Como eles têm apenas alguns pacotes disponíveis, isso criará problemas mais cedo ou mais tarde. Acabarei instalando pacotes da maneira tradicional, tendo-os instalados de maneiras diferentes, e talvez (?) Isso também crie problemas de versão.

Qual é a maneira preferida de instalar e manter os pacotes R no Ubuntu?

Eu acho que os únicos pacotes R disponíveis nos repositórios Ubuntu são os pacotes mantidos pela equipe principal de desenvolvimento do R. Como na maioria dos pacotes, os disponíveis através aptou sinápticos nem sempre são as versões mais recentes. Felizmente, você tem a opção de adicionar uma fonte de software mantida pelo CRAN, criando um novo arquivo /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listque contenha uma única linha de texto:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(substitua trusty/pelo codinome da sua distribuição; se você não souber, digite lsb_release -cum terminal). Depois disso (e um apt update) seu gerenciador de pacotes será sempre instalar (ou atualizar para) as versões manteve-CRAN de r-base, r-base-coreetc., porque eles vão ter números de versão mais altos do que os de fontes Debian. Veja aqui se aptreclama sobre a assinatura não ter sido assinada.

Para todos os outros pacotes (AKA "pacotes contribuídos"), eu prefiro instalar no R via install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))sempre que possível, a menos que saiba que a versão no CRAN é antiga e que uma versão mais recente possui a funcionalidade necessária. Nesses casos, você pode instalar a partir do GitHub devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')ou baixar um arquivo e instalá-lo a partir de uma janela do terminal via R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz, ou dentro do R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Para completar, aqui está a orientação oficial do CRAN .

Eu instalaria normalmente usando apt-get r-cransempre que possível, pois isso cuida de dependências e atualizações de uma maneira mais limpa. Somente se não estiver disponível, usarei o install a partir do R.

Observe que existem dois repositórios para pacotes R Debian:

1. R oficial: fornece alguns pacotes. Para incluí-lo, você precisa adicionar o link ao repositório que atualiza seu arquivo source.list . Isso está documentado na página CRAN-ubuntu , execute apt-get updatee atualize

2. PPA: Michael Rutter fornece um ppa , cran2deb4ubuntu , que contém muitos outros pacotes. Para alguma documentação, consulte o final deste blog . Você só precisa executar (depois da atualização / atualização):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Observe que, para o R 3.5.0, o nome do repositório foi alterado e as libs das Visualizações de tarefas pré-compiladas por Michael Rutter estão agora disponíveis no cran2deb4ubuntu_3.5