Respostas:
Esta é uma propriedade global do VirtualBox e pode ser configurada com o seguinte comando:
vboxmanage setproperty machinefolder /path/to/directory/
Esteja ciente de que isso não moverá VMs já criadas, afetará apenas as VMs criadas após a machinefolder
propriedade ter sido definida.
vboxmanage list systemproperties | grep folder
para descobrir as configurações atuais resp. verificar.
~/VirtualBox\ VMs
um link simbólico para outro diretório uma opção?