Você deve conseguir fazer isso simplesmente nas configurações
Este guia cobre muito bem:
https://help.ubuntu.com/stable/ubuntu-help/display-dual-monitors.html (versão mais recente do Ubuntu)
Como uma visão geral, você acessaria Configurações do sistema e, em seguida, Exibição na tela, onde é possível ligar e desligar o monitor. Certifique-se de não ter marcado "Espelho"
espero que ajude
Edit: Para Ubuntu 16.04 - Copiado dos documentos:
( https://help.ubuntu.com/16.04/ubuntu-help/display-dual-monitors.html )
Para configurar um monitor externo com o seu laptop, conecte o monitor ao seu laptop. Se o seu sistema não o reconhecer imediatamente, ou você desejar ajustar as configurações:
Clique no ícone à direita da barra de menus e selecione Configurações do sistema.
Exibição em tela aberta.
Clique na imagem do monitor que você deseja ativar ou desativar e, em seguida, ligue-o.
Por padrão, o Iniciador é exibido apenas no monitor principal. Para alterar qual monitor é "primário", altere o monitor na caixa suspensa Posicionamento do iniciador. Você também pode arrastar o Iniciador na visualização para o monitor que deseja definir como monitor "primário".
Se você deseja que o Launcher seja exibido em todos os monitores, altere o posicionamento do Launcher para All Displays.
Para alterar a "posição" de um monitor, clique nele e arraste-o para a posição desejada.
Se você deseja que os dois monitores exibam o mesmo conteúdo, marque a caixa Espelhar telas.
Quando estiver satisfeito com suas configurações, clique em Aplicar e, em seguida, clique em Manter esta configuração.
Para fechar as telas, clique no x no canto superior.