No meu laptop rodando Ubuntu 16.04, o ponteiro do mouse desapareceu com frequência.
Meu problema era: o ponteiro do mouse parecia desaparecer quando me mudei para o lado direito da tela. Apareceu depois de digamos 3 a 5 segundos depois de mover o mouse para cima, baixo, esquerda, direita. Isso foi muito chato ao trabalhar no computador.
A solução foi:
Clique em Dash (canto superior esquerdo) e digite "configurações do sistema". Clique em "Configurações do sistema" e, em seguida, em Todas as configurações> Monitores. Se for o meu caso, você verá uma caixa chamada Tela desconhecida à esquerda da Tela embutida em uma caixa grande com fundo cinza
Clique na tela desconhecida e desative-a desligando o botão logo abaixo da caixa cinza.
Encontrei a resposta aqui (Obrigado a Justin Samuel!).