O sistema está executando uma falta de memória?
Você pode dar uma olhada /var/log/syslogpara ver se recebe alguma OOMmensagem (Memória Cheia) durante a hora do dia em /etc/cron.daily/aptexecução.
/etc/cron.daily/apt é executado às 06:25, mas há um sono aleatório no script apt, por isso pode demorar até 1800 segundos depois
O comando free -mtambém poderá lhe dizer quanta memória livre você possui e vmstat 5poderá mostrar se você tem muita troca ou movimento de memória em andamento.
Se esse for o caso, você pode adicionar mais trocas , adicionar mais memória ou descobrir se há algum processo desnecessário em execução que consome toda a sua memória. (Uma reinicialização no caso de um vazamento de memória)
Executar o apt manualmente?
Você já tentou executar /etc/cron.daily/aptmanualmente para ver se consegue mais avisos / erros?
Se você estiver executando o Ubuntu 14.04 LTS, encontrará uma chamada para a random_sleepsub-rotina line 425. Adicione um #nesta linha para não dormir antes de uma corrida.
No Ubuntu 12.04 LTS é line 423. O Ubuntu 16.04 LTS não deve ter esse arquivo, tanto quanto eu posso ver.
Execute /etc/cron.daily/aptcomo root assim:
root@hostname:~# /etc/cron.daily/apt
Ou sudoassim:
username@hostname:~$ sudo /etc/cron.daily/apt
Pode haver alguns erros interessantes para indicar a direção certa ou tentar procurar /var/log/syslogalgo suspeito no arquivo.