Correndo ferramentas GUI, como nautilus
como root
é considerado nocivo por esta razão, entre outros (funções ocultas, capacidade de fragmentos de programa executado silenciosamente de quem sabe onde, ...).
Você não tem um problema de "permissão", você tem um problema de "propriedade".
Para encontrar todos os arquivos pertencentes a root
(realmente pertencentes a mais alguém), faça:
sudo find $HOME \! -user $USER
Para alterar a propriedade de volta para você, você pode
sudo chown -R $(id -u):$(id -g) $HOME
mas isso mudará a propriedade de todos os arquivos dentro e abaixo $HOME
sudo find $HOME \! -user $USER >/tmp/list-of-files
# edit the list of files, and delete file files you don't want to chown
nano /tmp/list-of-files
xargs sudo chown $(id -u):$(id -g) </tmp/list-of-files
Dá a oportunidade de ajustar a lista de arquivos pertencentes a você, que terão sua propriedade alterada para você.
find
withsudo
(sudo find ...
) para inspecionar osroot
subdiretórios proprietários com0700
proteções e tudo sob eles. O mesmo vale para o reparo.