existe uma aplicação de relógio,
- que pode ser colocado na tela como um widget
- ficando sempre no topo
- mas automaticamente desaparece passar o mouse
- permitindo que você clique nos itens abaixo,
(se comporta praticamente como o notificações Ubuntu nesse sentido).
Estou ciente de que existem aplicativos de widget screenlets e gdesklets, mas esses são de bugs, parecem desatualizados e não atendem aos critérios listados acima.
O que tenho em mente é um relógio grande (digital), sempre visível (em cima de todas as outras janelas) e que não atrapalha o seu trabalho (por exemplo, você ainda pode clicar nessa barra de rolagem ou botão se estiver logo abaixo do relógio, já que o relógio desaparece ao pairar).
Uma ferramenta chamada "OSD-Lyrics" que mostra letras de músicas e se comporta exatamente da maneira que descrevi acima.
Portanto, deve ser possível (e ainda mais fácil) fazer o mesmo com um relógio.