Desde que atualizei para 16.04 para 16.10, o gedit tem um novo "recurso" estranho: seu fundo é totalmente transparente.
De onde isso pode vir?
Observe que estou usando o Unity e não tenho nenhum pacote gnome específico instalado além do que vem por padrão.
Observe também que em 16.04 eu usei o tema Vivacious do ravefinity PPA, mas tive que voltar ao Ambiance porque o Vivacious foi quebrado em 16.10. Talvez esteja relacionado.
[EDIT] alterar as 'Fontes e cores' no gedit para qualquer tema diferente do padrão (Kate, Solarized, Oblivion etc.) resolve o problema. Portanto, deve haver um arquivo gtksourview com defeito em minha casa, mas não consigo encontrá-lo ...