O problema está nos patches do ubuntu contra o pacote xserver-xorg-input-synaptics.
A solução para o problema é simples - basta substituir o pacote fornecido pelo ubuntu por um sem esses patches.
Aqui está como:
Faça o download do pacote Debian apropriado neste site (escolha sua arquitetura, i386 ou amd64):
http://packages.debian.org/squeeze-backports/xserver-xorg-input-synaptics
Em seguida, remova o pacote original do seu sistema e substitua-o pelo pacote baixado. Reinicie o sistema e o toque com três dedos deve estar funcionando novamente.