Qual é o comando para remover todos os arquivos, mas não os diretórios?

Digamos que eu tenho uma árvore de diretórios como esta:

FOLDER:
    file1
    file2
    file3
    Subfolder1:
        file1
        file2
    Subfolder2:
        file1
        file2

Se eu usasse rm -r FOLDER/*, tudo em FOLDER seria excluído, incluindo subdiretórios. Como posso excluir todos os arquivos na pasta e em seus subdiretórios sem excluir os diretórios reais?

O que você está tentando fazer é a exclusão recursiva. Para isso, você precisa de uma ferramenta recursiva, como find.

find FOLDER -type f -delete

Com bash:

shopt -s globstar  ## Enables recursive globbing
for f in FOLDER/**/*; do [[ -f $f ]] && echo rm -- "$f"; done

Aqui, a iteração sobre a glob expandiu os nomes de arquivos e remove apenas os arquivos.

O acima é executado a seco, se estiver satisfeito com as alterações a serem feitas, remova echopara remoção real:

for f in FOLDER/**/*; do [[ -f $f ]] && rm -- "$f"; done

Finalmente, desative globstar:

shopt -u globstar

Com zsh, aproveitando o qualificador glob:

echo -- FOLDER/**/*(.)

(.) é um qualificador glob, que limita as expansões glob a apenas arquivos regulares.

O texto acima apenas imprimirá os nomes dos arquivos, para remoção real:

rm -- FOLDER/**/*(.)

Se a sua versão do findnão suportar, -deletevocê pode usar o seguinte para excluir todos os arquivos no diretório atual e abaixo.

find . ! -type d -exec rm '{}' \;