Uma possibilidade aqui é que o ubuntu one esteja usando menos largura de banda para upload do que o dropbox. Você pode confirmar isso facilmente, observando a velocidade de upload no seu roteador ou usando o 'monitor do sistema'. Dê uma olhada nisto para alterar a velocidade de upload que o u1 está usando.
Como se gerencia a velocidade de upload do Ubuntu One?
Se você pode confirmar que os dois serviços estão usando a mesma velocidade de upload, mas o u1 é mais lento que o dropbox, tente também verificar se está executando a versão mais recente do u1. Então repita o teste e veja. Se o ubuntu one ainda for mais lento, a diferença final terá a ver com o pós-processamento do arquivo do servidor. O U1 processa os arquivos carregados, adicionando alguns metadados úteis sobre eles em alguns casos. No entanto, o ubuntu one e o dropbox usam o serviço s3 da amazon, portanto, em teoria, os back-ends devem ter a mesma velocidade.