Respostas:
O HandBrake é um aplicativo de software para transcodificador de vídeo de código aberto, multiplataforma e de uso geral, que é mais do que capaz de ler a pasta VIDEO_TS e convertê-la em um formato de arquivo de sua escolha.
O FFmpeg também funciona muito bem:
cat ./VIDEO_TS/*.VOB | ffmpeg -i - <out_name>.<out_format>
Fonte:
https://wiki.archlinux.org/index.php/FFmpeg#VOB_to_any_container
O K9Copy é uma ferramenta poderosa que pode ler uma estrutura de diretório VIDEO_TS (ou um DVD) e produzir (recodificar) arquivos de vídeo MPEG-4. Ele também suporta extração MPEG-2, o que é útil para criar backups sem perdas (um arquivo de vídeo MPEG-2 será criado para cada episódio / vídeo no DVD). É possível copiar apenas a faixa de áudio e as legendas em inglês.
Para instalar o K9Copy no Ubuntu , você precisa habilitar o repositório multiverso, alterando o arquivo de configuração ou usando a interface do usuário Fontes de Software. Outras distribuições como o Fedora o possuem em seu repositório padrão.