Se a sua máquina Ubuntu ouvir NTP e sincronizar a hora com a Internet, o sistema se ajustará automaticamente à diferença de tempo.
Embora o seu computador não esteja necessariamente ciente do fato de que ocorreu um segundo, ele capturará e registrará o evento conforme os servidores NTP promoverem a mudança na Internet.
Se você não acha que o segundo extra está sendo adicionado, pode forçar uma atualização usando o seguinte comando:
sudo ntpdate -s pool.ntp.org
Isso executará automaticamente a localização geográfica para fornecer a você um servidor próximo (reduzindo o erro de latência) e o Ubuntu ajustará seu fuso horário (por isso, se o servidor estiver em um fuso horário diferente, tudo ficará bem). Como alternativa, você pode usar ntp.ubuntu.com.
Observe que, se você tiver muito azar, nenhum dos servidores de tempo que você está usando lidará com o segundo corretamente. É improvável, mas possível. Recomenda-se a verificação manual de uma fonte boa conhecida (rádio analógico, possivelmente time.is ).
Como alternativa, se você estiver em uma versão moderna do Ubuntu, existe um utilitário interno chamado timedatectl. Por padrão, isso é executado uma vez automaticamente na inicialização. Portanto, uma reinicialização rápida pode forçar uma sincronização, se necessário.