Essa resposta não aborda diretamente o ponto principal da pergunta, mas uma pergunta em um comentário; especificamente:
Você pode me explicar o que você quer dizer com "paratição de dados NFTS separada"? Nada no meu SSD é Ubuntu e nada no meu disco rígido é o Windows. Você está sugerindo que eu instale o Ubuntu no SSD (apenas em uma partição separada)? Não é mais seguro ter os dois sistemas operacionais em unidades físicas diferentes? Um amigo recentemente eliminou toda a sua partição do Windows do Ubuntu de alguma forma.
Alguns usuários gostam de isolar dois sistemas operacionais em um ambiente de inicialização dupla, como você fez, cada um em seu próprio disco rígido. A idéia é que, ao fazer isso, é menos provável que um sistema operacional cause danos ao outro; no entanto, no seu caso, você está acessando a instalação principal do Windows (a C:unidade no Windows) no Ubuntu. Isso significa que o Ubuntu pode modificar esse disco; de fato, o próprio ato de montar o disco do Windows o modifica (em um pequeno sentido). Esse acesso não é apenas o acesso aos arquivos em si, mas às estruturas de dados que definem quais são os arquivos.Isso é particularmente problemático para o NTFS, porque é um sistema de arquivos proprietário para o qual não existe uma especificação pública, AFAIK; os drivers do Linux são baseados em engenharia reversa. Na prática, os drivers do Linux funcionam muito bem, mas sempre há uma chance de que eles estejam fazendo algo sutilmente errado, o que pode prejudicar todo o sistema de arquivos.
Há também o fato de que o Linux e o Windows têm modelos de segurança muito diferentes. Assim, os arquivos que o Windows protege contra danos através de seu sistema de segurança estão disponíveis gratuitamente para usuários comuns no Ubuntu; você pode facilmente, e até acidentalmente, excluir drivers críticos, arquivos de configuração etc. do Ubuntu.
Portanto, colocar as instalações do SO em discos físicos separados faz muito pouco para protegê-los um do outro, a menos que você troque fisicamente os discos para inicializar cada SO - e isso representa seus próprios riscos. (Uma carga estática pode fritar um disco quando você os troca, por exemplo.) A troca física de discos também tornará impossível o compartilhamento de dados entre sistemas operacionais, exceto por meio de um terceiro disco, compartilhamento de rede etc. Onde colocar os sistemas operacionais em discos separados pode ajudar (um pouco) está na configuração inicial; é menos provável que você acidentalmente limpe o OS A ao instalar o OS B se cada um tiver seu próprio disco e, portanto, não é necessário redimensionar as partições do OS A.
Se você não precisar compartilhar o acesso aos mesmos arquivos, poderá restringir o acesso de cada sistema operacional aos arquivos dos outros, não importa onde cada sistema operacional esteja instalado. Restringir o acesso do Windows ao Ubuntu é fácil; O Windows não oferece suporte para sistemas de arquivos Linux, portanto, o Windows não acessará partições Ubuntu, a menos que você instale explicitamente os drivers do sistema de arquivos Linux no Windows. (Uma exceção é se você definir os códigos de tipo de partição incorretos, como era comum nos discos GPT; mas isso é improvável em qualquer instalação moderna. Veja esta página minha se você acha que pode estar enfrentando esse problema.) Para restringir o acesso do Ubuntu no Windows, recomendo criar uma /etc/fstabentrada para a C:partição do Windows que não a monte automaticamente ou que a monte somente para leitura. para saber mais sobre como fazer isso.
Se você deseja compartilhar dados entre sistemas operacionais, é melhor criar uma partição separada para esse fim. Isso permitirá que você leia e grave nessa partição nos dois sistemas operacionais, sem colocar em risco os arquivos dos sistemas operacionais principais. Você pode criar uma /etc/fstabentrada separada para cada partição (a partição do Windows C:e a partição de dados compartilhados) ou confiar na montagem automática para acessar a partição de dados compartilhados.
Na sua configuração de dois discos, não importa, de uma perspectiva lógica, qual disco contém a partição de dados compartilhados. Você deve tomar essa decisão com base no espaço disponível e na velocidade do disco. A quantidade de dados que você coloca na partição de dados compartilhados também é uma questão em aberto. Pode ser uma pequena partição na qual você armazena apenas alguns arquivos; ou você pode optar por colocar a maioria dos dados do usuário na partição compartilhada.
Uma grande ressalva é que a conversão da configuração existente em uma com uma partição de dados compartilhada exigirá redimensionar pelo menos uma outra partição. Você também pode querer ou precisar mover pelo menos uma outra partição. Essas operações podem ser demoradas e apresentam alguns riscos. Portanto, se você puder resolver o principal problema da sua pergunta, talvez prefira deixar o layout da partição como está por um tempo e lembre-se disso na sua próxima instalação. OTOH, se você deseja reorganizar seu sistema de maneira importante, esse pode ser outro motivo para fazê-lo mais cedo ou mais tarde.