Respostas:
Para criptografar um arquivo zip depois que ele foi criado, você pode usar zipcloak
A sintaxe é:
zipcloak foo.zip
Você será solicitado a fornecer a senha para o arquivo zip chamado foo.zip
Você pode compactar um arquivo (s) na criação de um arquivo zip usando o -e
parâmetro ie
zip -e foo.zip file1