Aqui estão algumas anotações sobre aplicativos que funcionam no Ubuntu. Acredito que alguns deles tenham listas de tarefas e lembretes. Não conheço a parte de desligamento, mas algumas são extensíveis para que os recursos possam ser adicionados.
Wunderlist
Funciona no iPhone, Android, computador desktop ou online.
Leia mais: http://www.6wunderkinder.com/wunderlist/
KeepNote
Um sistema de anotações bastante bom com suporte a imagens.
Página inicial: http://keepnote.org/
tiddlywiki
Apenas uma única página HTML javascripted que você personaliza e usa com seu navegador e pronto, a vantagem disso é que você obtém tabelas e imagens e outras coisas sofisticadas em HTML. Existem muitas variações desse sistema e também plug-ins que você pode usar para estendê-los.
Página inicial: http://www.tiddlywiki.com/
Notecasepro
mantém todas as suas anotações em um arquivo, recurso de segurança, suporte a imagens. A versão mais antiga, 1.9.8, chamada notecase, está disponível nos repositórios 10.10, não sei se é esse o caso das versões mais recentes do Ubuntu. você pode tentar qualquer um deles.
página inicial: http://www.notecasepro.com/
Árvore de cereja
Se você mantiver muitas notas de código de programação, ele possui alguns recursos interessantes de pré-formatação que são bastante úteis.
Página inicial: http://www.giuspen.com/cherrytree/
Modo Org do Emacs
Muito bom recurso de tabela com texto puro, boa saída para látex, até cálculos de planilhas podem ser feitos. Pode ser instalado a partir de repositórios, basta procurar o modo organizacional no seu gerenciador de pacotes.
Alguns tutoriais para Org:
http://orgmode.org/worg/org-tutorials/index.html
wiki do zim desktop
Altamente recomendado e devo acrescentar, o meu favorito.
Oferece suporte para vincular ou importar imagens (copiar para a pasta de notas), como .png, .jpg e outros formatos de bitmap comuns, também suporta o formato vetorial .svg, para que você possa vincular ou importar todos os desenhos .svg que deseja referenciar em seu notas. Excelente exportação de látex e html.
Com o sistema latex e o dvipng instalado, um plugin de equação Latex está disponível para incluir matemática agradável em suas anotações.
Página inicial:
http://zim-wiki.org/
Zim em ação:
http://zim-wiki.org/screenshots.html