Eu tenho o Ubuntu 17.10 com o GNOME 3.
O que acontece:
Eu tenho (por exemplo) o LibreOffice Calc aberto, com algumas colunas de dados. Destaco as colunas que quero mapear e, em seguida, selecione INSERIR> GRÁFICO. A caixa de diálogo da janela filho do gráfico aparece em cima dos meus dados, então eu quero movê-los para o lado.
Quando pego a barra superior e a movo, a janela principal (planilha) é minimizada (acho que realmente desaparece). Continuando o exemplo acima, se clicar em FINISH na janela do gráfico, posso ver o aplicativo de planilha minimizado, que é a barra de título da janela mais a barra de menus logo abaixo.
Parece um comportamento realmente estranho e certamente se enquadra na categoria "não ser útil para o usuário", pois toda a idéia de mover a janela filho em primeiro lugar era apenas para poder ver melhor a planilha!
Em outros aplicativos, por exemplo, o visualizador de PDF, ocorre um problema ligeiramente diferente. Quando tento mover a janela filho (por exemplo, a caixa de diálogo de impressão), o pai não minimiza, mas segue a janela filho. Isso é menos surpreendente do que deixar o pai desaparecer completamente, mas igualmente inútil em termos de permitir que o usuário veja as informações presentes na janela do pai.
Atualização 2017/11/06
A resposta de Pomsky abaixo corrige o problema, mas me deixa pensando por que o gerenciador de janelas está tomando a decisão de que todas as janelas filho têm comportamento modal (ou não), e não os aplicativos; e ainda, por que o comportamento modal impede a movimentação da tela filho quando oculta informações úteis na tela pai. Nenhum destes parece ser um bom design para mim ...