Tanto quanto posso dizer, com base no que sei e experimentei:
sudoé usado para aplicativos / comandos de linha de comando e gksudoé útil quando você tenta executar um programa usando a janela de diálogo Executar Aplicativo , pressionando Alt + F2.
Eu li que gksudoé apenas a versão gráfica do sudo.
De qualquer forma, você pode soltar sudo nautiluse / ou gksu nautilus em um terminal com a finalidade de fazer o que deseja, tendo o mesmo efeito nos dois comandos. Mas se você deseja omitir o terminal e deseja executá-lo diretamente com a janela de diálogo " Executar Aplicativo ", basta pressionar Alt + F2 e escrever gksu nautilus; após o qual você será solicitado a digitar sua senha, o navegador de arquivos nautilus será aberto com privilégios de root.
Além disso, você pode abrir arquivos / pastas como raiz com um único clique, usando a opção "Abrir como administrador" via clique direito. Que, em qualquer caso, abrirá uma nova instância do nautilus para a pasta especificada e abrirá arquivos como raiz. Isso também pode abrir / executar aplicativos como raiz, mas ainda não a testei.

Você pode obter a opção "Abrir como administração" no menu contextual instalando o nautilus-gksu via linha de comando: sudo apt-get install nautilus-gksuou usando o synaptic, como mostrado na próxima imagem:

Boa sorte!