Eu tenho tentado paralelizar o script a seguir, especificamente cada uma das três instâncias de loop FOR, usando o GNU Parallel, mas não consegui. Os 4 comandos contidos no loop FOR são executados em série, cada loop levando cerca de 10 minutos.

#!/bin/bash

kar='KAR5'
runList='run2 run3 run4'
mkdir normFunc
for run in $runList
do 
  fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
  fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
  fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
  fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear

  rm -f *.mat
done

Por que você não os bifurca (também conhecido como background)?

foo () {
    local run=$1
    fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear
}

for run in $runList; do foo "$run" & done

Caso isso não esteja claro, a parte significativa está aqui:

for run in $runList; do foo "$run" & done
                                   ^

Fazendo com que a função seja executada em um shell bifurcado em segundo plano. Isso é paralelo.

Tarefa de amostra

task(){
   sleep 0.5; echo "$1";
}

Execuções sequenciais

for thing in a b c d e f g; do 
   task "$thing"
done

Execuções paralelas

for thing in a b c d e f g; do 
  task "$thing" &
done

Execuções paralelas em lotes do processo N

N=4
(
for thing in a b c d e f g; do 
   ((i=i%N)); ((i++==0)) && wait
   task "$thing" & 
done
)

Também é possível usar FIFOs como semáforos e usá-los para garantir que novos processos sejam gerados o mais rápido possível e que não mais que N processos sejam executados ao mesmo tempo. Mas isso requer mais código.

N processos com um semáforo baseado em FIFO:

open_sem(){
    mkfifo pipe-$$
    exec 3<>pipe-$$
    rm pipe-$$
    local i=$1
    for((;i>0;i--)); do
        printf %s 000 >&3
    done
}
run_with_lock(){
    local x
    read -u 3 -n 3 x && ((0==x)) || exit $x
    (
     ( "$@"; )
    printf '%.3d' $? >&3
    )&
}

N=4
open_sem $N
for thing in {a..g}; do
    run_with_lock task $thing
done 

for stuff in things
do
( something
  with
  stuff ) &
done
wait # for all the something with stuff

Se ele realmente funciona depende de seus comandos; Eu não estou familiarizado com eles. O rm *.matparece um pouco propenso a conflitos se ele é executado em paralelo ...

for stuff in things
do
sem -j+0 ( something
  with
  stuff )
done
sem --wait

Isso usará semáforos, paralelizando tantas iterações quanto o número de núcleos disponíveis (-j +0 significa que você paralelizará N + 0 trabalhos , onde N é o número de núcleos disponíveis ).

o sem --wait diz para esperar até que todas as iterações no loop for tenham terminado a execução antes de executar as sucessivas linhas de código.

Nota: você precisará "paralelamente" do projeto paralelo GNU (sudo apt-get install parallel).

Uma maneira realmente fácil que eu costumo usar:

cat "args" | xargs -P $NUM_PARALLEL command

Isso executará o comando, passando em cada linha do arquivo "args", paralelamente, executando no máximo $ NUM_PARALLEL ao mesmo tempo.

Você também pode procurar na opção -I xargs, se precisar substituir os argumentos de entrada em locais diferentes.

Parece que os trabalhos fsl dependem um do outro, portanto, os 4 trabalhos não podem ser executados em paralelo. As execuções, no entanto, podem ser executadas em paralelo.

Faça uma função bash executando uma única execução e execute essa função em paralelo:

#!/bin/bash

myfunc() {
    run=$1
    kar='KAR5'
    mkdir normFunc
    fsl5.0-flirt -in $kar"deformed.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -omat $run".norm1.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref $kar"deformed.nii.gz" -omat $run".norm2.mat" -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 12 
    fsl5.0-convert_xfm -concat $run".norm1.mat" -omat $run".norm.mat" $run".norm2.mat"
    fsl5.0-flirt -in $run".poststats.nii.gz" -ref normtemp.nii.gz -out $PWD/normFunc/$run".norm.nii.gz" -applyxfm -init $run".norm.mat" -interp trilinear
}

export -f myfunc
parallel myfunc ::: run2 run3 run4

Para saber mais, assista aos vídeos de introdução: https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1 e passe uma hora percorrendo o tutorial http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html Seu comando linha vai te amar por isso.

Execução paralela no máximo processo N simultâneo

#!/bin/bash

N=4

for i in {a..z}; do
    (
        # .. do your stuff here
        echo "starting task $i.."
        sleep $(( (RANDOM % 3) + 1))
    ) &

    # allow only to execute $N jobs in parallel
    if [[ $(jobs -r -p | wc -l) -gt $N ]]; then
        # wait only for first job
        wait -n
    fi

done

# wait for pending jobs
wait

echo "all done"

Eu realmente gosto da resposta do @lev, pois fornece controle sobre o número máximo de processos de uma maneira muito simples. No entanto, conforme descrito no manual , o sem não funciona com colchetes.

for stuff in things
do
sem -j +0 "something; \
  with; \
  stuff"
done
sem --wait

Faz o trabalho.

-j + N Adicione N ao número de núcleos da CPU. Execute vários trabalhos em paralelo. Para tarefas intensivas de computação, -j +0 é útil, pois executará tarefas de número de núcleos de CPU simultaneamente.

-j -N Subtrai N do número de núcleos da CPU. Execute vários trabalhos em paralelo. Se o número avaliado for menor que 1, 1 será usado. Veja também --use-cpus-invés de núcleos.

No meu caso, como não posso usar o semáforo (estou no git-bash no Windows), criei uma maneira genérica de dividir a tarefa entre os N trabalhadores, antes que eles comecem.

Funciona bem se as tarefas levarem aproximadamente a mesma quantidade de tempo. A desvantagem é que, se um dos trabalhadores demorar muito para fazer sua parte do trabalho, os outros que já terminaram não ajudarão.

Divisão do trabalho entre N trabalhadores (1 por núcleo)

# array of assets, assuming at least 1 item exists
listAssets=( {a..z} ) # example: a b c d .. z
# listAssets=( ~/"path with spaces/"*.txt ) # could be file paths

# replace with your task
task() { # $1 = idWorker, $2 = asset
  echo "Worker $1: Asset '$2' START!"
  # simulating a task that randomly takes 3-6 seconds
  sleep $(( ($RANDOM % 4) + 3 ))
  echo "    Worker $1: Asset '$2' OK!"
}

nVirtualCores=$(nproc --all)
nWorkers=$(( $nVirtualCores * 1 )) # I want 1 process per core

worker() { # $1 = idWorker
  echo "Worker $1 GO!"
  idAsset=0
  for asset in "${listAssets[@]}"; do
    # split assets among workers (using modulo); each worker will go through
    # the list and select the asset only if it belongs to that worker
    (( idAsset % nWorkers == $1 )) && task $1 "$asset"
    (( idAsset++ ))
  done
  echo "    Worker $1 ALL DONE!"
}

for (( idWorker=0; idWorker<nWorkers; idWorker++ )); do
  # start workers in parallel, use 1 process for each
  worker $idWorker &
done
wait # until all workers are done

Eu tive problemas com @PSkocika solução. Meu sistema não possui o GNU Parallel disponível como pacote e semlançou uma exceção quando eu o criei e o executei manualmente. Tentei também o exemplo de semáforo FIFO, que também gerou alguns outros erros em relação à comunicação.

@eyeApps xargs sugerido, mas eu não sabia como fazê-lo funcionar com meu caso de uso complexo (exemplos seriam bem-vindos).

Aqui está minha solução para trabalhos paralelos que processam até Ntrabalhos por vez, conforme configurado por _jobs_set_max_parallel:

_lib_jobs.sh:

function _jobs_get_count_e {
   jobs -r | wc -l | tr -d " "
}

function _jobs_set_max_parallel {
   g_jobs_max_jobs=$1
}

function _jobs_get_max_parallel_e {
   [[ $g_jobs_max_jobs ]] && {
      echo $g_jobs_max_jobs

      echo 0
   }

   echo 1
}

function _jobs_is_parallel_available_r() {
   (( $(_jobs_get_count_e) < $g_jobs_max_jobs )) &&
      return 0

   return 1
}

function _jobs_wait_parallel() {
   # Sleep between available jobs
   while true; do
      _jobs_is_parallel_available_r &&
         break

      sleep 0.1s
   done
}

function _jobs_wait() {
   wait
}

Exemplo de uso:

#!/bin/bash

source "_lib_jobs.sh"

_jobs_set_max_parallel 3

# Run 10 jobs in parallel with varying amounts of work
for a in {1..10}; do
   _jobs_wait_parallel

   # Sleep between 1-2 seconds to simulate busy work
   sleep_delay=$(echo "scale=1; $(shuf -i 10-20 -n 1)/10" | bc -l)

   ( ### ASYNC
   echo $a
   sleep ${sleep_delay}s
   ) &
done

# Visualize jobs
while true; do
   n_jobs=$(_jobs_get_count_e)

   [[ $n_jobs = 0 ]] &&
      break

   sleep 0.1s
done