Como esta pergunta tem muitas respostas diferentes, a lista a seguir deve combinar as sugestões em uma lista abrangente:
Na maioria das circunstâncias, você deseja fazer backup destes:
/home/ para dados e configuração do usuário./etc/ para arquivos de configuração em todo o sistema./var/contém uma mistura de diretórios que você geralmente deseja fazer backup e aqueles que não deseja fazer backup. Veja abaixo uma explicação mais detalhada.
Alguns diretórios a serem considerados são:
/usr/local/pacotes instalados manualmente (ou seja, não instalados através do apt) são instalados aqui. Se você possui pacotes instalados aqui, convém fazer backup de todo o diretório, para não precisar reinstalá-los. Se os pacotes em si não são importantes para você, deve ser suficiente fazer backup /usr/local/etc/e /usr/local/src/./opt/se você não armazenou nada aqui, não precisa fazer backup. Se você armazenou algo aqui, está na melhor posição para decidir se deseja fazer backup./srv/muito parecido /opt/, mas por convenção é mais provável que contenha dados que você realmente deseja fazer backup./root/armazena a configuração para o usuário root. Se isso é importante para você, faça o backup.
/var/
/var/ contém muitos arquivos que você deseja fazer backup na maioria das circunstâncias, mas também alguns que não deseja fazer backup.
Você provavelmente deseja fazer backup desses:
/var/lib/esse diretório contém dados de estado variável para aplicativos instalados. Dependendo do aplicativo que você deseja fazer backup desse estado ou não. Se você quer estar do lado seguro, pode fazer o backup de tudo. Caso contrário, você poderá examinar cada subdiretório e decidir por si mesmo se os dados contidos são importantes o suficiente para você fazer backup./var/mail/ você normalmente deseja fazer backup de e-mails locais./var/www/ se sua raiz da web estiver localizada aqui e este for o único local em que seu conteúdo da web é armazenado, você deseja fazer o backup./var/games/ convém fazer backup deles, se os dados do jogo em todo o sistema forem importantes o suficiente para você (embora muitos jogos não usem esse armazenamento)./var/backups/geralmente contém arquivos que são gerados automaticamente a partir de outros dados que você normalmente deseja em um backup, mas isso exigiria uma quantidade desnecessária de espaço no backup ou, caso contrário, seria complicado fazer o backup. Por exemplo, o dpkg despeja uma lista de pacotes instalados aqui, para que você possa saber posteriormente quais pacotes instalar depois de restaurar o backup. Você provavelmente deseja fazer backup disso.
Você provavelmente não deseja fazer backup destes:
/var/cache/ao contrário do nome, alguns conteúdos deste diretório são importantes; portanto, verifique cada subdiretório individualmente, como regra geral, tudo o que você colocar aqui é importante. Você também pode querer fazer backup /var/cache/debconf/./var/lock/ os bloqueios geralmente (sempre) não precisam ser copiados./var/run/ contém dados que são importantes apenas para o seu sistema em execução, ou seja, quando você o encerra, ele não será mais necessário./var/spool/ dados normalmente importantes não devem ser armazenados aqui, mas você pode querer verificar./var/spool/cron/crontabs/ pode conter muitos comandos ou uma agenda complexa, mesmo com dependências em outros sistemas, que demandaram um esforço considerável para montar.
Você tem que decidir sobre isso:
/var/local/ você normalmente sabe se armazenou algo aqui e se deseja ou não um backup./var/opt/veja /var/local/ou melhor, verifique se algo importante está armazenado aqui./var/log/ depende se seus logs são importantes para você e se você tem espaço suficiente para armazená-los (eles podem ocupar muito espaço de backup ao longo do tempo).