A parte difícil é editar o sistema de arquivos Linux no Windows. O FS Driver suporta escrever ext2, mas não conheço boas ferramentas para ext3 ou 4 (e essas perguntas SU e SF não são encorajadoras), muito menos outros sistemas de arquivos que você possa ter usado na partição de inicialização
Mas se você conseguir obter suporte de gravação para sua partição de inicialização no Windows, é fácil alterar o padrão salvo. Primeiro você precisa fazer algum trabalho de preparação /boot/grub.conf. Mude defaultpara savede adicione savedefault 0(onde 0 é o índice do Fedora na configuração do GRUB) ao bloco do Windows, para inicializar no Windows redefinirá o padrão salvo de volta para o Fedora
Depois, no Windows, você pode editar /boot/grub/default. Exclua a linha que está lá (será defaultou 0provavelmente) e altere-a para 1ou qualquer que seja o índice da sua instalação do Windows. Quando você reiniciar, o GRUB lerá esse arquivo (já que o padrão é saved) e inicializará no Windows, e a savedefaultlinha alterará esse arquivo novamente 0para futuras inicialização