Eu estava enfrentando um problema semelhante com uma variedade de aplicativos que eu uso, principalmente, Pidgin, Shutter e ClipIt. O problema normalmente surgia quando eu tinha que reiniciar o Cinnamon devido a ele travar ou consumir muita memória. Eu normalmente faria isso para reiniciar o Cinnamon.
$ pkill -HUP -f "cinnamon --replace"
Encontrei uma solução que parece funcionar, com o objetivo de impedir que os ícones na bandeja do sistema fiquem em branco e não sejam clicáveis. Na caixa de diálogo Configurações do painel, você pode ativá-lo para que o Cinnamon possa redimensionar o texto e os ícones do painel de acordo com a altura do painel.
Mais sobre como matar os aplicativos
Meu trabalho anterior, sobre o qual principalmente funcionava, envolvia matar os aplicativos com esse problema na bandeja do sistema, Pidgin, ClipIt e Shutter. Eu normalmente faria isso depois de HUP
matar a canela.
$ pkill pidgin; pkill clipit, pkill shutter
E, em seguida, reinicie-os da seguinte forma:
$ pidgin & clipit & shutter & disown -a
Isso 90% do tempo traz de volta o Shutter e o ClipIt, mas nunca funcionaria para o Pidgin. A solução alternativa acima parece ter resolvido o problema.
Referências